昨日Xserver（エックスサーバー）でMovable Type設置の時mt-check.cgiでエラーがでると書いていましたが原因が分かりました！
Movable Typeの設置方法を説明しているHPに
【まずmt-check.cgiのみをサーバーにアップロードしてチェックを実行してから他のフォルダをアップロードする】と書いてあるところがありますが、コレだとエックスサーバーではエラーがでるようです。
MTのフォルダに入っているファイルをすべてXサーバーにアップロードしてからmt-check.cgiを実行するとエラーはでないようです。